"…כִּי-בַיּוֹם הַזֶּה יְכַפֵּר עֲלֵיכֶם, לְטַהֵר אֶתְכֶם : מִכֹּל, חַטֹּאתֵיכֶם…"

       (ויקרא ט"ז/ל')

 הסמכות להמיר חשד באשמה לכאורה בכופר כסף קיימת בחוקי המס דוגמת סעיף 221 לפקודת מ"ה, סעיף 121 לחוק מע"מ, סעיף 101 לחוק מיסוי מקרקעין, וזאת בתנאי שהעבירה אינה נכנסת בגדר חוק העבירות המנהליות.

הכופר מהווה למעשה תחליף לענישה הפלילית הקלאסית – ענישה המוטלת ע"י בית המשפט לאחר קיום הליך בבית המשפט. חלופת הכופר פוגעת ברעיון הפרדת הרשויות כאשר הרשות המבצעת היא גם הרשות השופטת. יתרה מכך, יש הטוענים כי תשלום הכופר הינו כהרשעה לכל דבר ועניין (למעט רישום פלילי) וזאת לאור הסנקציות המוטלות על משלם הכופר בהליכים הנוספים האחרים דוגמת פתיחת שומות מכוח סעיף 147(א)(2) לפקודת מ"ה (לפי הסעיף – דינו

של משלם כופר כמי שהורשע). נאמר כבר כאן: הליך הכופר הוא הליך מנהלי שאין במסגרתו הכרעה שיפוטית לגבי אשמתו של אדם (ראו עת"מ 1419/05). לא זאת אף זאת, אליבא ד' כבוד השופטת (דאז) י. אמסטרדם בת"פ 2227/94: "…בבקשה לכופר איננה כוללת בהכרח הודאה בביצוע העבירה, ולעיתים נאשם נוקט בהליך זה, גם כאשר הוא משוכנע כי בסופו של דבר תוכח חפותו בביהמ"ש, אך הוא מבקש לחסוך לעצמו מאבק משפטי הכרוך לעיתים בפרסומים מביכים ומזיקים, מאמץ נפשי, ותשלום לא מבוטל לעורכי דין…". יחד עם זאת, בעמ"ה 28/95 נפסק: "…אומנם מתן כופר אין פירושו הרשעה פלילית, למרות הדיבור 'אדם שעבר עבירה' בסעיף 221 לפקודה, הרי שבמישור המנהלי ולפי מבחני 'הראיה המנהלית' ניתן לראות בהסכמת אדם לכופר הודאה, ולכן היא ראיה שמותר למשיב לסמוך עליה בקביעת השומה…".