הוראת מעבר לסעיף 105יג' קובעת בעניינו של בעל מניות, שהחזיק בני"ע זרים, לרבות ניירות ערך של חברה תושבת ישראל, אשר ערב הרפורמה נחשבו כנייר ערך זר, ערב רישומם למסחר בבורסה בחו"ל, כי תקנות ני"ע זרים שהיו בתוקפן לפני 1 בינואר יעמדו בתחולתן עד ליום פרסום תקנות לפי סעיף 105יג' לפקודה. כזכור קובעות התקנות כי רווח ההון הריאלי בידי בעל מניות במכירת ני"ע זרים שהוחזקו על ידו ערב רישומן למסחר יחולק לפי שווי ני"ע ערב הרישום, זאת כאמור בצו מס הכנסה (שיעור המס על רווח ההון במכירת ני"ע) התשנ"ב  –  1992. תקנות בדבר מיסוי בעלי מניות בני"ע זרים פורסמו אך לאחרונה ובמסגרתן שונתה שיטת חישוב הרווח משיטת השווי שהייתה נהוגה ערב תחולתן לשיטה הליניארית. תוקפן של התקנות האמורות הנו מיום 1 בינואר 2004.

אמור מכאן כי לאור תחולת התקנות החדשות מיום 1.1.2004, מכירת נייר ערך זר בשנת 2003 בידי בעל מניות אשר החזיק בנייר ערב רישומו למסחר, יחויב במס רווח הון בעת המכירה בחלוקה על פי שוויו של נייר הערך במועד הרישום, כך שעד  מועד הרישום יהיה שיעור המס שיעור המס אשר חל על רווחי הון "רגילים" (50% או 25% או משוקלל) ועליית הערך לאחר מועד הרישום תהא חייבת במס רווחי הון בשיעור של 35% (או 15% לגבי חלק רווח ההון המיוחס לשנת 2003, במניית חברה תושבת ישראל).