כידוע, הפקדה לקופת גמל כ"עמית עצמאי" תותר בניכוי בהתאם לסעיף 47 לפקודת מס הכנסה,  מהכנסתו החייבת של המפקיד או בני משפחתו (בכפוף לתקרות מסוימות). ככל ששיעור המס השולי של המפקיד גבוה יותר, כך התרת ההוצאה תביא להקלת מס גדולה יותר.

לעומת זאת, הפקדה לביטוח חיים או לקופות גמל אחרות, תזכה את המפקיד או בני משפחתו, בהתאם לסעיף 45א' לפקודה, בזיכוי ממס, כפוף לתקרות, אשר יוקטן ישירות מסכום המס לתשלום. מכאן, שלשיעור המס השולי אין השלכה על "הקלת המס".

על פי הוראות החוק והנחיות נציבות מס הכנסה (חוברת דע זכויותיך וחובותיך), ניתן לבחור שלא לתבוע ניכוי על פי סעיף 47, ולתבוע את כל סכום ההפקדה, כעמית עצמאי, כזיכוי לפי סעיף 45א לפקודה, בכפוף לתקרת הזיכוי. תימוכין לאמור נמצא גם בלשונו של סעיף 47, לפיו סכום שנתבע כניכוי לפי סעיף זה לא יוכל הנישום לדרוש אותו גם כזיכוי לפי סעיף 45א. מכאן שכל סכום שהופקד, כפוף לתקרות, שלא נתבע כניכוי, ניתן לתבוע בגינו זיכוי ממס.

כאמור לעיל, נישום שהוא בשיעור מס שולי הנמוך מ- 25%, יעדיף "זיכוי" על פני "ניכוי".

לאור האמור לעיל, עם הכנת הדוחות השנתיים לשנת 2003, יש לשים לב כי אף שבאישור השנתי המופק על ידי קופות הגמל נכלל בדרך כלל מספר הסעיף בפקודה (סעיף 47) ובמקרים רבים אפילו מספר השדה בדוח 1301 (שדה 031) ליד סכום ההפקדה, רשאי הנישום לבחור כי סכומי ההפקדות כעמית עצמאי ידווחו דווקא כזיכוי, ולציינם במקום המתאים בטופס 1301 (בד"כ שדה 036).