סעיף 9(7א)(ז) לפקודה קובע כי כספים שנותרו בקופת גמל לפיצויים לאחר פרישת עובד, ולגביהם לא ביקש העובד רצף פיצויים או קצבה, ייראו כאילו שולמו לעובד במועד הפרישה. תקנות מס הכנסה ומס מעסיקים (ניכוי ממשכורת ומשכר עבודה ותשלום מס מעסיקים), התשנ"ג – 1993, קובעות כי במקרה שפיצויי פרישה משולמים הן על ידי המעביד והן על ידי קופת גמל, לרבות כספים שנותרו בקופת הגמל כדלעיל, על המעביד לנכות מחלקו את מלוא המס, כאילו היו הפיצויים "משכורת בלתי קבועה", כלומר מס בשיעור מרבי, (למעט אם ניתן אישור אחר מפקיד השומה). בכל מקרה, כאשר חלקו של המענק חייב במס, חייב המעביד לנכות מס בהתאם להנחיות ספציפיות של פקיד השומה, זאת על פי תקנה 7(א)(2) לתקנות.

בימים אלו, ובעקבות העובדה הרווחת כי כספים מופקדים בקופת גמל שנים ארוכות לאחר הפרישה, ואשר לגביהם לא ביקש העובד רצף פיצויים או קצבה, הודיעה נציבות מס הכנסה לציבור המעבידים, כי חלה על המעבידים חובה, החל משנת 2004, להעביר העתק מטופס 161 גם לקופת הגמל, בתוך שבוע ימים ממועד הפרישה. 

נציין כי אף שעל פניו נראה שהוראת הנציבות כאמור ניתנה בחוסר סמכות, הרי שמכל מקום ראוי למעבידים השונים לידע את העובדים על ההכרח לבצע רצף קצבה או רצף פיצויים בגין כספים שנותרו בקופת הגמל, שאם לא כן יוטל עליהם מיסוי בעת הפרישה.