לאחר תיקון 147 לפקודת מס הכנסה – החל מיום 1 בינואר 2006, מכירת מניות בידי בעל מניות מהותי תהא חייבת במס בשיעור 25% (במקום 20% – שיעור המס הכללי על רווחי הון). בעל מניות מהותי נחשב בעל מניות המחזיק מעל 10% מאמצעי השליטה בחברה במשך 12 החודשים שקדמו למכירה.

בחוק מיסוי מקרקעין נקבע כי שיעור המס על השבח הריאלי, יהא אף הוא 20% אולם רק החל מיום 1.1.2007. בחוק מיסוי מקרקעין לא נקבע מנגנון "בעל מניות מהותי" בדומה לפקודה.

לגבי פעולה באיגוד מקרקעין, סעיף 7א לחוק מיסוי מקרקעין קובע, כי חישוב המס יבוצע בהתאם להוראות הפקודה – חלק ה', אולם שיעור המס ייקבע בהתאם לחוק זה (חוק מיסוי מקרקעין) – כלומר 20%.

מכאן שמכירת מניות באיגוד מקרקעין לאחר 1 בינואר 2007 אף בידי בעל מניות מהותי תהא חייבת במס בשיעור של 20% בלבד. פרשנות זו משתלבת עם תכלית החקיקה כפי שבאה לידי ביטוי בפסיקת ביהמ"ש העליון (רוגובין ע"א 9401/03  וסובל ע"א 5773/99), אשר קובעת ככלל שאין להפלות בדיני מיסים בין החזקה ישירה במקרקעין לבין החזקתם באמצעות איגוד מקרקעין.( כמובן שבמכירה יחולו מסים עקיפים כגון מס רכישה ומס מכירה, ככל שחלים).