במסגרת התכנית הכלכלית הוסף סעיף 160א' לפקודת מס הכנסה, בתוקף מיום 1.7.2003, אשר קבע את סמכויות פקיד השומה לעיכוב החזר מס לו זכאי הנישום במקרים מסוימים, זאת על מנת לאפשר לפקיד השומה לעכב סכומי כסף הנמצאים ברשותו, במידה והוא סבור כי יתקשה בעתיד לגבות מס מן הנישום במסגרת הליך שומתי. הפעלת סעיף זה הינה לכאורה בלתי ניתנת לערעור, בניגוד להוראות סעיף 194 לפקודה (גביית מס במקרים מיוחדים), הדורש מפקיד השומה עמידה בתנאים מחמירים.

ככלל, ערב חקיקת הסעיף היה רשאי פקיד השומה לעכב החזר מס, לגבי דוח שחייבים בהגשתו, לתקופה בת 90 יום לכל הפחות, ללא מתן כל הסבר או תנאי, זאת על פי סעיף 159א' לפקודה. לאחר שחלפה התקופה, אם לא השתמש פקיד השומה בסמכותו לפי סעיף 194 לפקודה, חייב היה פקיד השומה "לשחרר" את ההחזר. סעיף 160א' הנדון כאן מאפשר לפקיד השומה עיכוב החזר מס לתקופה ארוכה יותר בתנאים מסוימים, והוא גובר על סעיפים 159א' ו- 160 לפקודה.

התקופה לגביה רשאי פקיד השומה לעכב את החזר המס נחלקת על פי הסעיף לארבע:

1. התקופה הראשונה – ממועד הגשת הדוח למשך 90 ימים.

2. התקופה השניה – ממועד הוצאת שומה לפי מיטב השפיטה למשך 90 ימים.

3. התקופה השלישית – ממועד הגשת השגה על שומה לפי מיטב השפיטה למשך 180 ימים.

4. התקופה הרביעית – ממועד ההחלטה בהשגה ועד החלטה של ערכאה משפטית.

התקופה הראשונה:

בהתאם לאמור בסעיפים 160א(א) ו- (ב), רשאי פקיד השומה לעכב רק את מחצית ההחזר (או הסכום השנוי במחלוקת, כנמוך שבהם), זאת למשך 90 ימים ממועד הגשת הדוח. חלפו 90 הימים – אם הוציא פקיד השומה שומה לפי מיטב השפיטה (03), מתחילה התקופה השניה. לא הוציא 03 – אין הוא רשאי לעכב יותר את החזר המס. נציין כי לא ברור החידוש בסעיף זה, שכן על פי ההוראות ה"ישנות" (בסעיף 159א') – רשאי פקיד השומה, לגבי מי שחייב בהגשת דוח, לעכב ללא כל סיבה, החזר מס למשך 90 יום ממועד הגשת הדוח. מעיון בהצעת החקיקה עולה, כי במקור נתבקשה הכנסה לאשר כי משך "התקופה הראשונה" יהא 120 יום – ובכך היה משום חידוש למצב הקיים, אולם בפועל התקופה שאושרה היא בת 90 יום בלבד, כך שלא הורחבו סמכויות פקיד השומה בתקופה זו. (בפרשנות מצמצמת אף ניתן לומר כי מאחר וסעיף 160א' הינו על אף סעיף 159א', הרי שהסעיף שבא להחמיר יוצא מקל, שכן מסייג את סמכותו של פקיד השומה לעכב החזר –  אך ורק לגבי מי שנתון בהליכי שומה ורק לגבי מחצית ההחזר כאמור).

התקופה השניה:

התקופה השניה אף היא חלה למשך 90 יום. התקופה מתחילה ביום הוצאת שומת 03 ולכאורה מסתיימת לאחר 90 יום. בתקופה זו רשאי פקיד השומה לעכב מחצית מסכום המס השנוי במחלוקת באבחנה ממחצית סכום ההחזר בתקופה הראשונה. תקרה חדשה זו יכולה למעשה לאיין בשלב זה את כל ההחזר. גם כאן תמוהה החלטת המחוקק להגביל את התקופה השניה למשך 90 יום, שכן מבחינה עובדתית תקופה זו אמורה להסתיים תוך 30 יום בלבד, ונסביר:

התוצאה של שומה לפי מיטב השפיטה (03) יכולה להיות אחת משתים:

הגשת השגה על השומה על ידי הנישום תוך 30 יום מיום קבלת השומה.

אי הגשת השגה על השומה.

הוגשה השגה תוך 30 יום – מתחיל מניין התקופה השלישית. לא הוגשה השגה תוך 30 יום – חוב המס הופך לחלוט והוא בר גביה על פי דין.

התקופה השלישית:

כאמור בפסקה הקודמת, תקופה זו מתחילה במועד הגשת השגה על שומת ה- 03, ומסתיימת 180 יום לאחר מכן, או במועד קבלת החלטה בהשגה – כמוקדם. בתקופה זו רשאי פקיד השומה לעכב החזר מס בגובה כל סכום המס השנוי במחלוקת. נציין בעניין זה כי מאחר שבתקופה השניה עיכב פקיד השומה סכום בגובה מחצית סכום המס השנוי במחלוקת (וממילא את מחציתו השניה שיחרר) – לא ברור כיצד יכול הוא לעכב סכום גדול יותר, שאיננו מצוי ברשותו בשלב הזה. מכל מקום, קבלת ההשגה תביא ל"שחרור" ההחזר, שומה בהסכם תביא לחוב מס חלוט בר גביה, ודחיית ההשגה תוך הוצאת צו לבית המשפט תוביל את פקיד השומה לתקופה הרביעית והאחרונה, אשר בסופה קביעה סופית לגבי חוב המס. 

התקופה הרביעית:

תחול ממועד דחיית ההשגה והוצאת הצו, ועד למועד שבו תינתן החלטה לטובת הנישום. ניתנה החלטה לטובת פקיד השומה – הופך חוב המס לחלוט ובר גביה, ולמעשה – כל עוד לא התקבלה עמדת הנישום בבית המשפט רשאי פקיד השומה לעכב את החזר המס בגובה סכום המס השנוי במחלוקת.

 ככלל נציין כי על אף הליקויים שציינו בנוסח הסעיף, אין ספק כי הוא מרחיב את סמכויות פקיד השומה בנושא גביית מס במקרים בהם קיים ספק לגבי יכולת גביית המס מן הנישום, אולם יישום הסעיף מחייב ביצוע הליך שומה קצר מאד – שלושה חודשים להוצאת שומה לפי מיטב השפיטה, ושישה חודשים להוצאת צווים, מיום הגשת ההשגה. (כך שבפועל עשרה חודשים מיום הגשת הדוח על פקיד השומה להוציא צווים לבית המשפט, או להחזיר את המס שנגבה ביתר).