לאחרונה ניתנו שני פסקי דין שעניינם המשותף הוא אי ניכוי מס במקור בהתאם לתקנות.
בפסק הדין הראשון בעניין מסאלחה מחמוד נ' פ"ש נצרת, (עמ"ה 115/01) לא התיר פקיד השומה למערער ניכוי הוצאות בהם עמד, מחמת שלא ניכה את מס במקור, המתחייב בהתאם לתקנות, בטענה שהוא "שיפוצניק" ואין להחיל בעניינו תקנות ניכוי במקור מעבודות בניה. שלילת ההוצאה נעשתה על פי הוראות סעיף 32א' לפקודה. בית המשפט, בדחותו את הערעור, קובע כי קמה חובת ניכוי במקור מתשלומים אותם שילם המערער, ומשלא עשה כן, לא יותרו ההוצאות בניכוי. נציין כי בפסק הדין לא נזכר פסק הדין הידוע בעניין ניניו (עמ"ה 255/89), ואף חוזר מס הכנסה מספר 53/91 שהוצא בעקבותיו, לפיו, על אף הלכת ניניו המחמירה, לא יותרו הוצאות בהתאם לסעיף 32א' לפקודה, רק במידה ולא הוגש דוח המפרט את רשימת המקבלים, או לגבי "מקבלים לא מזוהים".
כפי הנראה מפסק הדין, לא עמד המערער בנטל "הזיהוי", ונענש באי התרת ההוצאה במלואה, ענישה השמורה בדרך כלל למקרים חריגים.
בפסק הדין בעניין חברת מוניות ג. שאול (1995) בע"מ (עמ"ה 537/01), נדונה שאלת אי ניכוי במקור מתשלומים אותם מעבירה תחנת מוניות לנהגים. מלבד סיווג פעילות התחנה כ"עבודות הובלה" כמוגדר בתקנות ניכוי במקור, על ידי בית המשפט, עולות מפסק הדין מספר מסקנות:
א. בעניין "בחינת מצבם" של המקבלים, אימץ בית המשפט גישה הנפוצה פרקטית בהליכי שומות ניכויים, לפיה מאחר שהמקבל היה מצוי בהפסדים אשר לגביהם ניתנה שומה סופית, אין לחייב את המערערת במס הנובע מחוסר הניכוי במקור. בעניין שנות מס לגביהן אין למקבל שומה סופית קובע ביהמ"ש כי אין המערערת "פקיד שומה עליון" לגבי חבות המס של המקבל, שמא בשומה הסופית יגיע המקבל להכנסה חייבת.
ב. באופן חישוב המס, הנדרש עקב אי הניכוי נסוג בו פקיד השומה במהלך הדיון מהקביעה כי יש לגלם את המס שלא נוכה במקור, והמס הוטל "מתוך" ההכנסה ששולמה.
נציין כי הבעיה הידועה איך והאם מושפעת שומת המקבל מעצם הטלת שומת ניכויים על המשלם, לא נדרשה בבית המשפט, וכידוע מן הנפוצות היא כי גביית מס ממשלם אשר לא ניכה מס במקור מהווה גביית "כפל מס", לכל הפחות לגבי מקבלים המגישים דוחות לפקיד השומה.
