נציבות מס הכנסה, הביעה בעבר את עמדתה לגבי מעמדם של רווחי מפעל במסלול חלופי, כי אין המדובר ברווחים "פטורים" ממס אלא הינם "דחויי מס". מגישה זו עולה החובה לקזז הפסדים או ניכוי בשל אינפלציה מרווחים אלו. עמדה קיצונית יותר הינה כי הרווחים כאמור לא ייכללו במסגרת הרווחים הראויים לחלוקה (להלן: רר"ל) לעניין סעיף 94ב', וזאת לאור נוסח הסעיף, הכולל במסגרת הרר"ל לצורכי מס רק "רווחים שנתחייבו במס" ובצירוף רווחים שפוטרו ממס.
מאחר שרווחים אלו טרם נתחייבו במס, ואינם הכנסה פטורה, אין לכוללם במסגרת הרר"ל.
בהקשר לקיזוז הפסדים מרווחי מפעל במסלול חלופי, נתן כבר בית המשפט המחוזי את דעתו, בעניין כרמל אולפינים (עמ"ה 182/99), כי קיזוז הפסדים מועברים "רגילים" מרווחי מפעל במסלול חלופי שוללת את כוונת המחוקק בהענקת הפטור.
משיחות שערכנו בנושא עם גורמים בנציבות מס הכנסה עולה כי עמדת הנציבות כיום היא לראות ברווחי המפעל המאושר במסלול חלופי כרר"ל, בניכוי המס העתידי שיחול בעת משיכת הרווחים.
לדעתנו, ובהיעדר הפרשה למס בספרים בגין הרווחים, עדיין ישנה פרשנות לפיה רווחי המפעל יכללו במלואם, ללא ניכוי המס העתידי, ברר"ל.
