על פי סעיף 17(5א) לפקודה, תקרת הניכוי שתותר בגין קרן השתלמות לעצמאים הינה 9,675 ₪, בגין הפקדה של לפחות 15,050 ₪ לשנה. (4.5% מתקרת הכנסה בסך 215,000 לשנת 2003, המותנית בהפקדה של 7% מהכנסה חייבת כאמור).

בעת משיכת הכספים מקרן ההשתלמות הסכום יחול פטור ממס, לרבות על ריבית ורווחים, כאמור בסעיף 9(16ב) לפקודה, בגין רווחים שמקורם בהפקדה שלא עלתה על 15,120 ₪ לשנה.

לאור ההבדלים בסכומים ובמיוחד השוני בסכומי ההפקדה לעניין הניכוי לעומת סכומי הפטור, בוחנת נציבות מס הכנסה תיקון חקיקה אשר יקבע סכום אחיד לתקרת ההפקדה והפטור בהפקדה לקרנות השתלמות לעמית עצמאי ולחברי קיבוץ.